FAKULTA LESNICKÁ A DŘEVAŘSKÁ - ČZU V PRAZE

Populační genetika a genomika

Jiří Korecký (odborný garant), Jaroslav Klápště, Jaroslav Čepl, Jan Bílý, Zuzana Bínová, Václav Jansa, Kristýna Římanová

Specializace:

Obecná a molekulární genetika (molekulární markery) s aplikací v lesnictví – management semenných sadů, rekonstrukce rodokmene, studium genetické variability a struktury populací lesních dřevin.

Technické a laboratorní vybavení:

  • Laboratoř pro extrakce DNA – centrifuga, hlubokomrazicí box (-80 °C), vortex, flow-box, vodní lázeň, thermomixer atd.
  • Genetická laboratoř MCEV – kapilární sekvenátor, PCR cyklery, oscilační mlýn, spektrofotometr atd.
  • V přípravě: molekulárně-biologická laboratoř

Aktuální výzkumná témata:


Studium genové exprese stresových proteinů u smrku ztepilého

V genetické laboratoři DP v současné době probíhá analýza exprese stresových proteinů –dehydrinů– pro tři ekotypy smrku ztepilého. Genová exprese se stanovuje na základě množství mRNA pro příslušný protein. Ze vzorků jehlic se musí celková mRNA nejprve izolovat. Protože se jedná o poměrně choulostivou molekulu, musí být dodržován přísný protokol, aby nedošlo k její degradaci. Následně je suma všech vyizolovaných mRNA přepsána pomocí enzymu reverzní transkriptázy do formy komplementární DNA (tzv. cDNA), která je potom subjektem amplifikace metodou kvantitativní PCR (tzv. qPCR). V rámci tohoto kroku se namnoží cDNA odpovídající dehydrinové mRNA díky specifickému páru primerů a zároveň se určuje množství dané cDNA pomocí fluorescenčních činidel vážících se na molekuly DNA.

Rozdílná exprese dehydrinů u jednotlivých ekotypů by mohla poukazovat k jejich rozdílné adaptaci na hydrický režim a mohla by být zohledněna při posuzování vhodnosti výsadby jednotlivých ekotypů pro různá stanoviště.