Pedagogická i vědecká činnost katedry aplikované ekologie (KAE) je zaměřena na širokou škálu problematik, jako je historický vývoj krajiny, šíření invazních rostlin, posuzování vlivů na životní prostředí, ekologie a využití mokřadních ekosystémů, městské odvodnění nebo posuzování a opětovné využití různých typů odpadů. Členové katedry garantují jeden bakalářský obor (Územní technická a správní služba) a dva magisterské (Krajinné inženýrství a Regionální environmentální správa).
Katedra provozuje Hydrochemickou laboratoř.
