Na katedře ochrany rostlin působí čtyři výzkumné týmy zabývající se monitoringem, prevencí a ochranou rostlin před patogeny a škůdci. Jednotlivé týmy nepracují samostatně, ale jejich práce se prolíná např. při studiu virových chorob přenášených hmyzem (výzkumný tým rostlinolékařské VIROLOGIE a ENTOMOLOGIE) nebo při studiu využití entomopatogeních hub k redukci škodlivých druhů hmyzu (výzkumný tým rostlinolékařské MYKOLOGIE a ENTOMOLOGIE), díky čemuž je zajištěn komplexní přístup k ochraně rostlin.