Digitální herbarium vzniklo v roce 2009, kdy řešilo Studijní a informační centrum ČZU v Praze, spolu s Katedrou botaniky a fyziologie rostlin Fakulty agrobiologie, potravinových a přírodních zdrojů (dále FAPPZ ČZU) projekt financovaný z Fondu rozvoje vysokých škol „Digitalizace, archivace a zpřístupnění unikátní herbářové knihovny“. Projekt byl zaměřen na digitalizaci unikátních herbářových položek - Matthioliho herbáře, Plantarum Brasiliae a dalších herbárií a systematik v Botanické knihovně Katedry botaniky a fyziologie rostlin.
Podrobně o projektu v časopise Ikaros - roč. 14, č. 2 (2010)
Konkrétní výstupy tohoto projektu byly široké veřejnosti zpřístupněny ve zkušebním provozu v prosinci 2009 a od 1. 1. 2010 je databáze plně funkční. Databázi „Herbarium“ spravuje Studijní a informační centrum ČZU v Praze, a centrálním přístupovým bodem jsou tedy jeho webové stránky, konkrétně odkaz „Herbarium“ . V první etapě je zpracováno přes 1700 herbářových položek a digitalizovaných knih a na 10 knih s tématikou vztahující se k herbářům a systematické botanice. V herbářových položkách lze vyhledávat podle 9 různých kritérií (český název a vědecký název druhu, naleziště a locality, čeleď a familia země, stanoviště, sběratel).
Tento projekt byl podpořen Fondem rozvoje vysokých škol 616/2005, 1557/2007, 600/2007, 1261/2009 a výzkumným záměrem MŠMT 6046070901.
