Laboratoř je zaměřena na přípravu a zpracování mikroskopických preparátů a jejich následnou digitalizaci, analýzu obrazu a také na stereomikroskopii. V laboratoři je kompletní "linka" pro zpracování mikroskopických preparátů (zalévací parafínová linka, elektricky vyhřívaná plovoucí lázeň, elektricky vyhřívaná deska pro žehlení preparátů, souprava poloutomatického ručního mikrotomu a cirkulární barvící automatu) od firmy Slee.
Digitalizační pracoviště disponuje badatelským mikroskopem Nikon i50 s nejmodernější digitální kamerou a automatickým posunem v osách XY a Z. Dále zahrnuje stereomikroskop Nikon SMZ s digitální kamerou a čtyřnásobným zdrojem LED osvětlení a plovoucím stolkem. Pracoviště je doplněno o ultimativní počítačové sestavy (hardwarově i softwarově) s profesionální programem pro analýzu obrazu NIS Elements Ar 4.xx.
