Botanická knihovna Katedry botaniky a fyziologie rostlin FAPPZ ČZU vlastní cca 6000 svazků knih, periodik a separátů. Knihy jsou vedeny v přírůstkové knize od roku 1945 a v lístkové kartotéce (pouze podle autorů). Zvlášť je veden Katalog časopisecké knihovny KBFR, který čítá na 140 titulů (pouze podle titulů časopisů).
Od roku 1964 se tato knihovna stěhovala celkem pětkrát, a to do stále menších prostor. Řada vzácných svazků byla touto činností poškozena. Knihovna obsahuje velmi vzácná botanická díla v německém, francouzském, anglickém, japonském, ruském a českém jazyce. Knihy pochází již z počátku 18. století. Základ knihovny byl přestěhován po 2. světové válce ze Střední zemědělské školy v Libverdě (je to naše nejstarší zemědělská škola), dále byla zakoupena velmi rozsáhlá a unikátní knihovna prof. Kaviny, knihy byly také nakupovány v rámci knihovny VŠZ či získávány darem. Dnes jsou pořizovány s podporou grantů, katedry a Studijního a informačního centra ČZU (dále jen SIC).
V roce 2005 proběhla s podporou Fondu rozvoje vysokých škol (FRVŠ č.616/2005) modernizace knihovny. Probíhá katalogizace pomocí automatizovaného systému KP-win a digitalizace vzácných botanických děl. Nově byla vybudována studovna a také proběhla úplná rekonstrukce archivu knihovny.
V roce 2015 bylo s finanční podporou Ministerstva kultury (program VISK 3) významně zlepšeno počítačové vybavení studovny i depozitáře knihovny a knihovní katalog byl převeden do celouniverzitního systému ALEPH. Aktuální informace naleznete v tomto článku o knihovně 12/2015 
