Katedra agroekologie a rostlinné produkce (dříve katedra agroekologie a biometeorologie) patří na fakultě k zakládajícím útvarům. Postupně prošla transformacemi a změnami názvu, ale hlavní oblastí zájmu z pohledu výzkumu i výuky zůstává poznání strukturálních a funkčních vlastností agroekosystémů včetně optimalizace soustav hospodaření na půdě, zvláště osevních postupů, zpracování půdy a managementu rostlinného pokryvu a plevelů v kontextu vlivů okolního biofyzikálního prostředí. Pracoviště má vyrovnaný poměr aktivit v pedagogické, vědeckovýzkumné a expertní činnosti, který jí umožňuje dobrou adaptabilitu na měnící se podmínky.
Vzhledem ke svému obecnějšímu zaměření zajišťuje výuku především v bakalářském studiu včetně anglicky vyučovaných předmětů. Nabízí však i řadu specializačních předmětů pro magisterské a doktorské studium a podílí se výukově na mnoha předmětech vyučovaných společně s jinými katedrami. Vědeckovýzkumné aktivity katedry se prolínají s mnoha dalšími vědními obory – katedra je významně zapojena do dlouhodobého výzkumného záměru fakulty a kromě toho řeší samostatně další výzkumné projekty externích, interních i mezinárodních grantových agentur. Při řešení výzkumných projektů katedra úzce spolupracuje s mnoha institucemi doma (jako např. VÚRV Praha - Ruzyně, ZVÚ Kroměříž, MENDELU Brno, VÚB Havlíčkův Brod) i v zahraničí (např. Universität Hohenheim, TU Mnichov, HU Berlín a nadnárodní biotechnologické firmy). Ve výzkumu je značný prostor věnován problematice biologie a ekologie významných plevelů, diverzitě plevelových společenstev a nově též ekologii asociovaných organismů živočišného původu pod vlivem agrotechnických postupů. Dlouhodobě řešenou a v roce 2011 dále rozvíjenou výzkumnou oblastí jsou metody ochrany proti plevelům včetně využití nejmodernějších přístupů, jakými je optimalizace chemické ochrany včetně studia nežádoucích efektů, precizní zemědělství a plodiny s tolerancí k herbicidům. Důležitou rozvíjenou oblastí výzkumu je problematika rostlinného pokryvu půdy z pohledu dynamiky vody v systému půda – rostlina – atmosféra. Katedra se nově etabluje v oblasti studia vlivu klimatické změny a povětrnostní variability na produkci polních plodin a výskyt škodlivých organismů. Velmi rozsáhlá je spolupráce s praxí, která je představována konzultační, poradenskou a přednáškovou činností pro orgány státní správy, zemědělské podniky, pěstitelské svazy.
V poslední době se rozvíjí i výzkumná činnost pro zadavatele z komerční sféry. Katedra na základě akreditace GEP komerčně provozuje zkoušení přípravků na ochranu rostlin pro účely registračního řízení a realizuje řadu vývojových pokusů pro domácí i zahraniční firmy. Dvě hojně navštěvované webové aplikace spravované pracovníky KARP, Automatická meteorologická stanice a Atlas plevelů přístupné z webových stránek fakulty jsou vyhledávaným informačním zdrojem pro studenty i odbornou veřejnost. Katedra má značně rozvinuté zahraniční aktivity, které jsou představovány společnými výzkumnými projekty, aktivní účastí na konferencích a workshopech, exkurzemi a výměnnými pobyty pracovníků. Tyto aktivity přinášejí nezbytnou výměnu know-how, mezinárodní srovnání a podporují zájem zahraničních partnerů o spolupráci ve výzkumné i pedagogické oblasti.
