V rámci smlouvy mezi AF ČZU a Výzkumným ústavem mlékárenským bylo na katedře zřízeno v roce 1991 společné pracoviště, které umožňuje katedře využívat přístrojovou techniku v majetku VÚM - plynový chromatograf Varian 3400 a kapalinový chromatograf Waters. Hlavní náplní činnosti našich pracovníků ve společné laboratoři je sledování vybraných anorganických a organických složek v mléce a mléčných výrobcích a fenolických kyselin, flavonoidů, kumarinů a karotenoidů v zemědělských plodinách.
Součástí katedry jsou dále Servisní laboratoř, zajišťující analýzy pro potřeby školy (pravidelné chemické analýzy vody ve školním bazénu) i pro veřejnost, a Stopová laboratoř, kde jsou sledovány obsahy některých zejména rizikových chemických prvků v biologických a zemědělských materiálech.
Ve vědecké činnosti katedry je několik směrů, vázaných na výzkumné záměry fakulty a řešené granty. Vedle analýz zemědělských materiálů a produktů na obsah stopových prvků včetně metodologie jejich stanovení jsou studovány změny obsahu polyfenolů, flavonoidů, polyhydroxykyselin, glykosidů, některých antinutričních látek a esenciálních olejů ve vybraných léčivých rostlinách a zemědělsky významných plodinách a v řadě druhů potravin, jako jsou čaje, ovocné nápoje a víno. K výzkumu důležitých enzymů se váže sledování vlivu polutantů a biostimulátorů na jejich činnost. Katedra monitoruje antioxidanty typu karotenoidů, flavonoidů, anthokyanů a askorbové kyseliny ve vybraných druzích zeleniny a ovoce, bramborách a obilninách - významných zdrojích těchto látek v lidské výživě. Dlouhodobě se provádí i výzkum biodegradabilních paliv a maziv, obsahujících derivovaný řepkový olej. Na katedře chemie je jediné pracoviště v ČR v oboru částicové analýzy exploatovaných olejů a komplexní diagnostiky olejů s ohledem na prevenci strojních havárií. Servisní laboratoř byla v mezilaboratorním porovnávání zkoušek uznána jako způsobilá poskytovat požadovanou úroveň analýz vody (ASLAB).
Katedra chemie spolupracuje s těmito českými a zahraničními institucemi: Výzkumný ústav mlékárenský Praha, Výzkumný ústav rostlinné výroby Praha-Ruzyně, Přírodovědecká fakulta UK v Praze, Akademie věd ČR (Ústav experimentální botaniky, Ústav organické chemie a biochemie, Endokrinologický ústav, Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského, Ústav chemických procesů, Biofyzikální ústav, Mikrobiologický ústav), University of Applied Sciences Zittau/Görlitz, Warsaw Agricultural University, Universidad Complutense de Madrid, Universidad de Buenos Aires, ARMINES, Paris aj.
