Publikační činnost členů katedry ochrany rostlin je zaměřena na následující oblasti výzkumu: adaptace molekulárních diagnostických metod pro detekci škůdců a patogenů, virózy ovocných dřevin, choroby a škůdci řepky, choroby obilnin a problematika mykotoxinů, nematologie, choroby a škůdci dřevin v rekultivovaných oblastech, ploštice a roztoči. Publikace všech autorů jsou dostupné na jejich osobních stránkách. Další publikace jsou přiloženy jako soubory.