Katedra ekologie lesa je pověřena metodickým vedením sbírky Arboreta FLD v Kostelci nad Černými lesy. Hlavním úkolem je udržení rozsáhlého sortimentu dřevin pro výuku, pečlivá evidence jednotlivých taxonů, hodnocení úspěšnosti introdukce a rozvoj sbírky spočívající v kompletaci rodových kolekcí. Sbírka dřevin je zaměřena zejména na lesnicky významné taxony a vzhledem k měnícím se klimatickým podmínkám jsou v poslední době upřednostňovány suchotolerantní rody, např. Quercus, Sorbus.
V poslední době je naší snahou geografické uspořádání taxonů – vybudováním rybníka a revitalizací mokřadu se podařilo připravit biotop i pro vlhkomilné dřeviny, dále připravujeme
expozice modelových biotopů Severní Ameriky, Číny, Japonska, Sibiře a Dálného Východu.
