BRŮNA, J. – WILD, J. – SVOBODA, M. – HEURICH, M. – MÜLLEROVÁ, J. Impacts and underlying factors of landscape-scale, historical disturbance of mountain forest identified using archival documents. Forest Ecology and Management, 2013, roč. 2013, č. 305, s. 294-306. ISSN: 0378-1127.
ČERNÝ, T. – DOLEŽAL, J. – JANEČEK, Š. – ŠRŮTEK, M. – VALACHOVIČ, M. – PETŘÍK, P. – ALTMAN, J. – BARTOŠ, M. – SONG, J. Environmental correlates of plant diversity in Korean temperate forests. ..., 2013, roč. 47, č. , s. 37-45.
POUSKA, V. – SVOBODA, M. – LEPŠ, J. Co-occurrence patterns of wood-decaying fungi on Picea abies logs: Does Fomitopsis pinicola influence the other species?. POLISH JOURNAL OF ECOLOGY, 2013, roč. 61, č. 1, s. 119-134. ISSN: 1505-2249.
MIKOLÁŠ, M. – KALAFUSOVÁ, I. – TEJKAL, M. – ČERNAJOVÁ, I. – MICHALOVÁ, Z. – HLÁSNY, T. – BARKA, I. – ZRNÍKOVÁ, K. – BAČE, R. – SVOBODA, M. Stav habitatu jadrovej populácie hlucháňa hôrneho (Tetrao urogallus) v Západných Karpatoch: Je ešte pre hlucháňa na Slovensku miesto?. Sylvia, 2013, roč. 2013, č. 49, s. 79-98. ISSN: 0231-7796.
KNORN, J. – KUEMMERLE, T. – RADELOFF, V. – KEETON, W. – GANCZ, V. – BIRIS, I. – SVOBODA, M. – GRIFFITHS, P. – HAGATIS, A. – HOSTERT, P. Continued loss of temperate old-growth forests in the Romanian Carpathians despite an increasing protected area network. ENVIRONMENTAL CONSERVATION, 2013, roč. 40, č. 2, s. 182-193. ISSN: 0376-8929.
VACCHIANO, G. – DEROSE, R. – SHAW, J. – SVOBODA, M. – MOTTA, R. A density management diagram for Norway spruce in the temperate European montane region. European Journal of Forest Research, 2013, roč. 132, č. 3, s. 535-549. ISSN: 1612-4669.
ČADA, V. – SVOBODA, M. – JANDA, P. Dendrochronological reconstruction of the disturbance history and past development of the mountain Norway spruce in the Bohemian Forest, central Europe. Forest Ecology and Management, 2013, roč. 295, č. , s. 59-68. ISSN: 0378-1127.
HALME, P. – ALLEN, K. – AUNINŠ, A. – BRADSHAW, R. – BRUMELIS, G. – ČADA, V. – CLEAR, J. – ERIKSSON, A. – HANNON, G. – HYVÄRINEN, E. – IKAUNIECE, S. – IRŠENAITE, R. – JONSSON, B. – JUNNINEN, K. – KAREKSELA, S. – KOMONEN, A. – KOTIAHO, J. – KOUKI, J. – KUULUVAINEN, T. – MAZZIOTTA, A. – MÖNKKÖNEN, M. – NYHOLM, K. – OLDÉN, A. – SHOROHOVA, E. – STRANGE, N. – TOIVANEN, T. – VANHA-MAJAMAA, I. – WALLENIUS, T. – YLISIRNIÖ, A. – ZIN, E. Challenges of ecological restoration: Lessons from forests in northern Europe. Biological Conservation, 2013, roč. 167, č. , s. 248-256. ISSN: 0006-3207.
TOMÁNEK, J. – VOLNÝ, C. – KLČ, P. – BAČE, R. Faktory způsobující konstrukční porušení lesních cest. Zprávy lesnického výzkumu, 2012, roč. 57, č. 1, s. 40-46. ISSN: 0322-9688.
BOCHENKOVÁ, M. – HEJCMAN, M. – KARLÍK, P. Effect of plant community on recruitment of Pulsatilla pratensis in dry grassland. Scientia Agriculturae Bohemica, 2012, roč. 43, č. 4, s. 127-133. ISSN: 1211-3174.
KARLÍK, P. – CHVOJKOVÁ, E. Exkurze na bavorskou stranu Českého lesa (Oberpfälzer Wald) při příležitosti 49. floristického kurzu ČBS v Domažlicích.. Zprávy české botanické společnosti. Příloha. , 2012, roč. 47, č. 2012/1, s. 95-101. ISSN: 1211-5266 .
BAČE, R. – SVOBODA, M. – POUSKA, V. – JANDA, P. – ČERVENKA, J. Natural regeneration in Central-European subalpine spruce forests: Which logs are suitable for seedling recruitment?. Forest Ecology and Management, 2012, roč. 266, č. 2012, s. 254-262. ISSN: 0378-1127.
SVOBODA, M. – JANDA, P. – NAGEL, T. – FRAVER, S. – REJZEK, J. – BAČE, R. Disturbance history of an old-growth sub-alpine Picea abies stand in the Bohemian Forest, Czech Republic. Journal of Vegetation Science, 2012, roč. 23, č. 1, s. 86-97. ISSN: 1100-9233.
BASSLER, C. – MULLER, J. – SVOBODA, M. – LEPŠOVÁ, A. – HAHN, C. – HOLZER, H. – POUSKA, V. Diversity of wood-decaying fungi under different disturbance regimes—a case study from spruce mountain forests. Biodiversity and Conservation, 2012, roč. 21, č. 1, s. 33-49. ISSN: 0960-3115.
NAKONECHNAYA, O. – KHOLINA, A. – KOREN, O. – JANEČEK, V. – KOHUTKA, A. – GEBAUER, R. – ZHURAVLEV, Y. Characterization of Gene Pools of Three Pinus pumila (Pall.) Regel Populations at the Range Margins. Russian Journal of Genetics, 2011, roč. 46, č. 12, s. 1417-1425. ISSN: 1022-7954.
ČÍŽKOVÁ, P. – SVOBODA, M. – KŘENOVÁ, Z. Natural regeneration of acidophilous spruce mountain forests in non-intervenion management areas of the Šumava National Park - the first results of the Biomonitoring project. Silva Gabreta, 2011, roč. 17, č 1, s. 19-35. ISSN: 1211-7420.
POUSKA, V. – LEPŠ, J. – SVOBODA, M. – LEPŠOVÁ, A. How do log characteristics influence the occurrence of wood fungi in a mountain spruce forest?. Fungal Ecology, 2011, roč. 4, č 3, s. 201-209. ISSN: 1754-5048.
ZENÁHLÍKOVÁ, J. – SVOBODA, M. – WILD, J. Stav a vývoj přirozené obnovy před a jeden rok po odumření stromového patra v horském smrkovém lese na Trojmezné v Národním parku Šumava. Silva Gabreta, 2011, roč. 17, č. 1, s. 37-54. ISSN: 1211-7420.
ČADA, V. – SVOBODA, M. Structure and origin of mountain Norway spruce in the Bohemian Forest. Journal of Forest Science, 2011, roč. 57, č 12, s. 523-535. ISSN: 1212-4834.
BAČE, R. – SVOBODA, M. – JANDA, P. Density and Height Structure of Seedlings in Subalpine Spruce Forests of Central Europe: Logs vs. Stumps as a Favourable Substrate. SILVA FENNICA, 2011, roč. 45, č. 5, s. 1065-1078. ISSN: 0037-5330.
BAŽANT, V. – JANEČEK, V. VLIV KLIMATICKÝCH FAKTORŮ NA PŘÍRŮSTY DŘEVIN VÝSYPKOVÝCH STANOVIŠŤ MOSTECKÉ PÁNVE. Úroda, 2011, roč. 59, č 10, s. 716-725. ISSN: 0139-6013.
JANEČEK, V. – LEUGNEROVÁ, G. REAKCE MĚKKYNĚ BAŽINNÉ (HAMMARBYA PALUDOSA) NA KLIMATICKÉ ZMĚNY NA LOKALITĚ DOKESKO. Úroda, 2011, roč. 59, č 10, s. 143-146. ISSN: 0139-6013.
NOVÁ, J. – KARLÍK, P. Vegetace zaniklých středověkých vesnic Kozelského polesí (Plzeňsko).. Zprávy České botanické společnosti, 2010, roč. 45, č 4, s. 93-117. ISSN: 1211-5258.
JIRAS, P. – SKUHRAVÁ, M. – KARLÍK, P. Bejlomorka koniklecová (Dasineura pulsatillae) a další druhy hmyzu vyvíjející se v souplodích koniklece lučního českého (Pulsatilla pratensis subsp. bohemica) v přírodních památkách Na horách a Pitkovická stráň ve středních Čechách.. Bohemia centralis, 2010, roč. 30, č 1, s. 251-264. ISSN: 0231-5807.
JANDA, P. – BAČE, R. – SVOBODA, M. – STARÝ, M. Věková a prostorová struktura horského smrkového lesa v I. zóně „Trojmezná“ v NP Šumava. Silva Gabreta, 2010, roč. 16, č 1, s. 43-59. ISSN: 1211-7420.
HLAVÁČEK, R. – KARLÍK, P. Příspěvek k poznání flóry a vegetace PP Na horách a poznámky k teplomilné květeně Podbrdska.. Bohemia centralis, 2010, roč. 30, č 1, s. 193-250. ISSN: 0231-5807.
ŠTEFÁNEK, M. – KARLÍK, P. Flóra a náčrt vegetace navržené evropsky významné lokality Kačina.. Bohemia centralis, 2010, roč. 30, č 1, s. 175-192. ISSN: 0231-5807.
JANEČEK, V. – ŽIŽKA, L. POROVNÁNÍ VÝTĚŽNOSTI BIOMASY ZEMĚDĚLSKÝCH PLODIN A KLONŮ TOPOLU A VRBY. Acta Pruhoniciana, 2010, roč. 96, č. 1, s. 37 - 46. ISSN: 0374-5651.
SVOBODA, M. – FRAVER, S. – JANDA, P. – BAČE, R. – ZENÁHLÍKOVÁ, J. Natural development and regeneration of a Central European mountain spruce forest. Forest Ecology and Management, 2010, roč. 260, č. 2010, s. 1 - 9. ISSN: 0378-1127.
NAGEL, T. – SVOBODA, M. – RUGANI, T. – DIACI, J. Gap regeneration and replacement patterns in an old-growth Fagus-Abies forest of Bosnia-Herzegovina. Plant Ecology, 2010, roč. 208, č. 2010, s. 1 - 12. ISSN: 1385-0237.
POUSKA, V. – SVOBODA, M. – LEPŠOVÁ, A. The diversity of wood fungi in relation to changing site conditions in an old-growth mountain spruce forest, Central Europe. European Journal of Forest Research, 2010, roč. 129, č. 2010, s. 1 - 13. ISSN: 1612-4669.
KOPÁČEK, J. – CUDLÍN, P. – SVOBODA, M. – CHMELÍKOVÁ, E. – KAŇA, J. – PICEK, T. The composition of Norway spruce litter and foliage in atmospherically acidified and nitrogen-saturated Bohemian Forest stands, Czech Republic.. Boreal Environment Research, 2010, roč. 15, č. 4, s. 413 - 426. ISSN: 1239-6095.
BAŽANT, V. – JAKL, J. INTRODUKCE A VYUŽITÍ MAGNOLIA SECT. RYTIDOSPERMUM SPACH V SADOVNICTVÍ. Acta Pruhoniciana, 2010, roč. 2009, č. 93, s. 63 - 67. ISSN: 0374-5651.
LEUGNEROVÁ, G. – JANEČEK, V. Populace měkkyně bažinné (Hammarbya paludosa (L.) O. Kuntze) v severní zátoce Máchova jezera (severní Čechy). Sborník Severočeského muzea - Přírodní vědy, 2010, roč. 28, č. 28, s. 21 - 38. ISSN: 0375-1686.
BAČE, R. – JANDA, P. – SVOBODA, M. Vliv mikrostanoviště a horního stromového patra na stav přirozené obnovy v horském smrkovém lese na Trojmezné. Silva Gabreta, 2009, roč. 15, č. 1, s. 67 - 84. ISSN: 1211-7420.
ŠAMONIL, P. – ANTOLÍK, L. – SVOBODA, M. – ADAM, D. DYNAMICS OF WINDTHROW EVENTS IN A NATURAL FIR-BEECH FOREST IN THE CARPATHIAN MOUNTAINS. Forest Ecology and Management, 2009, roč. 257, č. 8, s. 1148 - 1156. ISSN: 0378-1127.
HÉDL, R. – ROLEČEK, J. – BOUBLÍK, K. – DOUDA, J. – SVOBODA, M. Prohlášení České botanické společnosti aneb deset témat pro českou lesnickou politiku. Zprávy České botanické společnosti - , 2009, roč. 44, č. 24, s. 3 - 7. ISSN: 1211-5258.
SVOBODA, M. – ZENÁHLÍKOVÁ, J. Historický vývoj a současný stav lesa v NP Šumava kolem „Kalamitní svážnice“ v oblasti Trojmezné. Příroda, 2009, roč. 28, č. 1, s. 71 - 119. ISSN: 1211-3603.
KARLÍK, P. – POSCHLOD, P. History or abiotic filter: which is more important in determining the species composition of calcareous grasslands?. Preslia, 2009, roč. 81, č. 0, s. 321 - 340. ISSN: 0032-7786.
KUBIŠTOVÁ, L. – SVOBODA, M. – ŠANTRŮČEK, J. – ŠANTRŮČKOVÁ, H. Can 13C stable isotope record of Norway spruce tree rings display the effect of environmental conditions?. Journal of Forest Science, 2008, roč. 54, č. 6, s. 255 - 261. ISSN: 1212-4834.
NAGEL, T. – SVOBODA, M. Gap disturbance regime in an old-growth Fagus–Abies forest in the Dinaric Mountains, Bosnia-Herzegovina. Canadian Journal of Forest Research-Revue Canadienne de Recherche Forestiere, 2008, roč. 38, č. 11, s. 2728 - 2737. ISSN: 0045-5067.
SVOBODA, M. – POUSKA, V. Structure of a Central-European mountain spruce old-growth forest with respect to historical development. Forest Ecology and Management, 2008, roč. 255, č. 4, s. 2177 - 2188. ISSN: 0378-1127.
ŠANTRŮČKOVÁ, H. – ŠANTRŮČEK, J. – SVOBODA, M. – KOPÁČEK, J. – ŠETLÍK, J. Carbon isotopes in tree rings of Norway spruce exposed to atmospheric pollution.. Environmental Science & Technology, 2007, roč. 41, č. 16, s. 5778 - 5782. ISSN: 0013-936X.
HÁJEK, F. – SVOBODA, M. Vyhodnocení odumírání horského smrkového lesa na Trojmezné (NP Šumava) metodou automatizované klasifikace leteckých snímků. Silva Gabreta, 2007, roč. 13, č. 1, s. 69 - 81. ISSN: 1211-7420.
SVOBODA, M. Les ve druhé zóně v oblasti Trojmezné není hospodářskou smrčinou: změní se management dříve než vznikne rozsáhlá asanovaná plocha?. Silva Gabreta, 2007, roč. 13, č. 2, s. 171 - 187. ISSN: 1211-7420.
ULBRICHOVÁ, I. Natural regeneration of the spruce on the selected wet sites in the Jizerské Mountains. Scientia Agriculturae Bohemica, 2007, roč. 38, č. 3, s. 135 - 141. ISSN: 1211-3174.
MAULEOVÁ, M. – VÍTÁMVÁS, J. Differential success of somatic embryogenesis in random gene pool of Norway spruce. Journal of Forest Science, 2007, roč. 53, č. 2, s. 74 - 87. ISSN: 1212-4834.
BAŽANT, V. Study of natural hybridization between Alnus incana (L.) Moench. and Alnus glutinosa (L.) Gaertn.. Journal of Forest Science, 2007, roč. 53, č. 2, s. 66 - 73. ISSN: 1212-4834.
JANEČEK, V. – KOBLIHA, J. Spontaneous hybrids within the genus Abies - growth and development. Journal of Forest Science, 2007, roč. 53, č. 5, s. 193 - 203. ISSN: 1212-4834.
KOBLIHA, J. – JANEČEK, V. Growth of Hybrid Clonal Material within Genus Abies. Zeszyty Naukove, 2007, roč. 439, č. 92, s. 63 - 74. ISSN: 0239-9342.
NAGEL, T. – SVOBODA, M. Regeneration patterns after intermediate wind disturbance in an old-growth Fagus-Abies forest in southeastern Slovenia. Forest Ecology and Management, 2006, roč. 226, č. 0, s. 268 - 278. ISSN: 0378-1127.
SVOBODA, M. – MATĚJKA, K. – KOPÁČEK, J. Biomass and elements pools of the selected spruce trees in the catchments of Plešné and Čertovo Lakes in the Bohemian Forest. Journal of Forest Science, 2006, roč. 52, č. 10, s. 471 - 485. ISSN: 1212-4834.
SVOBODA, M. – KOPÁČEK, J. – MATĚJKA, K. – ŽALOUDÍK, J. Estimation of tree biomass of Norway spruce forest in the Plešné Lake catchment, the Bohemian Forest. Biologia, 2006, roč. 61, č. 20, s. 523 - 532. ISSN: 0006-3088.
SVOBODA, M. – MATĚJKA, K. – KOPÁČEK, J. Biomass and element pools of understory vegetation in the catchments of Čertovo Lake and Plešné Lake in the Bohemian Forest. Biologia, 2006, roč. 61, č. 20, s. 509 - 521. ISSN: 0006-3088.
KOBLIHA, J. – JANEČEK, V. Development of Fir Hybrid Clonal Material. Journal of Forest Science, 2005, roč. 51, č. 51, s. 3 - 12. ISSN: 1212-4834.
KOBLIHA, J. – JANEČEK, V. Development of progenies from spontaneous hybrids within genus Abies. Communicationes Instituti Forestalis Bohemicae, 2005, roč. 22, č. 1, s. 53 - 60. ISSN: 1211-2992.
Odborná monografie
BAŽANT, V. – **ÚRADNÍČEK, L. Keře. Praha: Academia, 2018, 476s. ISBN 978-80-200-2777-1.
ŠANTRŮČKOVÁ, H. – VRBA, J. – KŘENOVÁ, Z. – SVOBODA, M. – BENČOKOVÁ, A. – EDWARDS, M. – FUCHS, R. – HAIS, M. – HRUŠKA, J. – KOPÁČEK, J. – MATĚJKA, K. – RUSEK, J. Co vyprávějí horské smrčiny: Průvodce lesními ekosystémy Šumavy. Vimperk: Správa NP a CHKO Šumava, Přírodovědecká fakulta Jihočeské univerzity, Česká společnost pro ekologii, 2010. 153s. ISBN 978-80-87257-04-3.
Kapitoly v odborné knize
**PACH, M. – **SANSONE, D. – **PONETTE, Q. – **BARREIRO, S. – **MASON, B. – **BRAVO-OVIEDO, A. – SVOBODA, M. Managing forest ecosystems. Springer, Cham: Springer International Publishing AG, 2019, 420s. ISBN 978-3-319-91952-2. Silviculture of Mixed Forests: A European Overview of Current Practices and Challenges, s. 185-253.
**BRAVO-OVIEDO, A. – **PRETZSCH, H. – **DEL RÍO, M. – SVOBODA, M. Dynamics, Silviculture and Management of Mixed Forests. neuvedeno: Springer International Publishing AG., 2018, 412s. ISBN 978-3-319-91952-2. Silviculture of Mixed Forests: A European Overview of Current Practices and Challenges, s. 185-253.
ANGELSTAM, P. – ELBAKIDZE, M. – AXELSSON, R. – ČUPA, P. – HALADA, Ľ. – MOLNAR, Z. – PĂTRU-STUPARIU, I. – PERZANOWSKI, K. – ROZULOWICZ, L. – STANDOVAR, T. – SVOBODA, M. – TÖRNBLOM, J. The Carpathians: Integrating Nature and Society Towards Sustainability. : Springer, 2013, 717s. ISBN 978-3-642-12724-3. Maintaining Cultural and Natural Biodiversity in the Carpathian Mountain Ecoregion: Need for an Integrated Landscape Approach, s. 393-424.
NAGEL, T. – SVOBODA, M. – PANAYOTOV, M. Integrative approaches as an opportunity for the conservation of forest biodiversity. Freiburg: European Forest Institute, 2013, 284s. ISBN 978-952-5980-06-6. Natural disturbances and forest dynamics in temperate forests of Europe, s. 116-123.
MERGANIČOVÁ, K. – MERGANIČ, J. – SVOBODA, M. – BAČE, R. – ŠEBEŇ, V. Forest Ecosystems - More than Just Trees. Croatia: InTech publisher, 2012, 464s. ISBN 978-953-51-0202-1. Deadwood in forest ecosystems, s. 81-108.
