Fluorescenční mikroskop Axio Imager Zeiss LSM 800 osazený diodovými laserovými zdroji vlnových délek 405 nm, 488 nm, 561 nm a 640 nm nalézá široké uplatnění v buněčné biologii a molekulární genetice, např. umožňuje specifické označení molekul ve tkáni (bílkovin, lipidů, sacharidů), studium a zviditelnění buněčných struktur (jádra, cytoskelet). Kromě možnosti pozorovat strukturu v jednotlivých rovinách umožňuje systém 3D snímání prostorové struktury objektu, a to prostřednictvím kontrolovaného snímání struktur v Z-rovině. Fluorescenční konfokální mikroskopii lze taktéž využít v určitých aplikacích materiálového inženýrství: v oblasti topografie, popisu struktur některých přírodních materiálů využívaných např. v kompozitních systémech (rostlinná vlákna).
