Spolupráce při monitoringu chráněných živočichů a maloplošných chráněných území, zejména v západních a jižních Čechách. Do sledování živočichů jsou zapojeni i studenti a absolventi FLD, kteří pracují v zájmových územích.
Dlouhodobá spolupráce při monitoringu velkých savců, zejména vlka obecného, rysa ostrovida a losa. Dlouhodobá spolupráce při zimním sčítání netopýrů v podzemních prostorách za pomoci studentů FLD. Ve spolupráci s NP Šumava jsou organizovány zoologické exkurze a terénní cvičení studentů.
Spolupráce na projektech výzkumu savců ve východní a jižní Africe za spoluúčasti studentů FLD.
Spolupráce na monitoringu vlka obecného a vyhodnocování jeho potravní ekologie a vztahu k lesnímu prostředí. V rámci řešení problematiky jsou pro studenty FLD zadávány bakalářské, diplomové i doktorské práce.
Dlouhodobá spolupráce při monitoringu ptáků a savců, zejména šelem a tetřevovitých.
Dlouhodobá spolupráce na výzkumu savců, zejména netopýrů v ČR i v zahraničí.
Prof. Ing. Jaroslav Červený, CS., je jedním ze zakládajících členů Společnosti pro ochranu netopýrů (založena v roce 1991). Od té doby spolupráce: při pravidelných kontrolách zimovišť; při výzkumu stromových a lesních druhů netopýrů; při organizování pravidelných Mezinárodních nocí pro netopýry, které jsou určeny pro veřejnost; organizace monitoringu netopýrů na jejich lovištích na Školním lesním podniku v Kostelci nad Černými lesy.