Jak je patrné již z názvu katedry, zoologie společně s myslivostí představují základ všech odborných a pedagogických činností na katedře. Řeší se zde různé aspekty všeobecné zoologie, zabývající se obecnými jevy a zákonitostmi u všech skupin živočichů, tak i aspekty systematické zoologie, která studuje jednotlivé skupiny živočichů. Hlavní důraz je zde však kladen na aplikovanou zoologii, především na tzv. Lesnickou zoologii, která přenáší teoretické znalosti zoologie do praxe. Studenti se na katedře mohou seznámit se i se základy obecných disciplín, jako je např. anatomie, cytologie, embryologie, etologie, fyziologie, histologie, morfologie, parazitologie či taxonomie; nebo disciplín vymezených určitou taxonomickou skupinou, jako je např. entomologie, helmintologie, herpetologie, ichtyologie, mammaliologie či ornitologie. Z interdisciplinárních věd úzce souvisejících se zoologií je pozornost zaměřena především na ekologii živočichů, gradologii (věda zabývající se přemnožováním škůdců) a zoogeografii.
Hlavní zoologickou problematikou vyučovanou na katedře je zejména biologie ptáků (pernatá zvěř) a savců (srstnatá zvěř). K teoretické výuce slouží především skripta „Zoologie lesnická“ od renomovaných autorů působících na katedře. Praktické výuce pomáhá ojedinělá sbírka preparátů, které jsou nejen druhově velmi bohaté, ale jsou zcela nově zhotovené našimi nejpřednějšími preparátory. Svým rozsahem a kvalitou patří zcela jistě k nejlepším univerzitním zoologickým sbírkám ČR. Sbírka obsahuje stovky dermoplastických preparátů, postavených koster ptáků a savců či jednotlivých lebek většiny druhů České republiky. Součástí sbírky jsou i desítky odlitků stop zvěře. K nejzajímavějším exponátům patří zcela jistě dermoplastický preparát a kostra „večerníčkového“ medvěda Vojty, kterého po jeho úhynu věnoval Fakultě režisér a zároveň majitel pan Václav Chaloupek. Sbírky se stále doplňují a rozšiřují, a to i o vzácné druhy ptáků a savců (k těmto exponátům však Fakulta musí vždy získat i patřičná legislativní povolení).
Kromě výuky je nezbytnou činností pracovníků katedry i zoologický výzkum. Ten je směřován zejména na aktuální biologii a ekologii spárkaté zvěře, velkých šelem, lesních druhů netopýrů a tetřevovitých. Katedra na řešení těchto problémů získala významnou finanční pomoc prostřednictvím různých grantových agentur. K význačným novějším výsledkům výzkumu patří zejména publikované práce o telemetrii prasete divokého, jelena evropského, siky a zubra; o potravních nárocích prasete divokého, jelena evropského či vlka obecného; o šíření Afrického moru prasat, o vlivu dopravního zatížení krajiny na populace zvěře, o šíření nepůvodních druhů živočichů v ČR jako je např. nutrie, norek americký, mýval severní či psík mývalovitý či o některých aspektech tetřevovitých. Studenti tak mají jedinečnou možnost zapojit se do řešitelských týmů významných zoologických projektů a získat neocenitelné zkušenosti pro svůj další odborný růst.
Výzkum lesních druhů netopýrů
Výzkumem netopýrů se na Katedře myslivosti a lesnické zoologie zabývá prof. Ing. Jaroslav Červený, CSc. Netopýři jsou jediní savci, kteří mohou aktivně létat a kteří se orientují pomocí velice efektivní echolokace. Kromě toho mají dvě naprosto odlišné a jedinečné fáze svého života. V chladné části roku upadají na zimovištích (např. jeskyně, štoly, sklepy, duté stromy) do pravého zimního spánku (hibernace), v letním období vytvářejí společenstva (většinou kolonie samic s mláďaty), které nemají u jiných našich savců obdoby. Pravidelné sčítání na zimovištích je prováděno především na Šumavě, ale i v jiných oblastech ČR. V létě jsou netopýři pravidelně sčítáni v místech jejich úkrytů. V průběhu celé vegetační sezóny jsou odchytáváni do speciálních nárazových sítí, nebo jsou pomoci tzv „batdetektorů“ sledovány a nahrávány jejich zvukové projevy. Výzkumem se sleduje především populační dynamika jednotlivých druhů a lovecká teritoria jednotlivých druhů. Do sledování netopýrů jsou zapojeni i studenti FLD. Zvláštní výzkum se provádí i v různých oblastech Afriky a je zaměřen na faunistiku, taxonomii, a zvláště na biologii netopýrů a kaloňů lesnatých savan. Od letošního roku bude detailně prováděno sledování netopýrů žijících v lesích na Školním lesním podniku v Kostelci n. Černými Lesy.
Výzkum velkých šelem
Výzkumem velkých šelem se na Katedře myslivosti a lesnické zoologie zabývá prof. Ing. Jaroslav Červený, CSc. a prof. RNDr. Petr Koubek, CSc. Sledování má na Katedře již dlouhou tradici, která s výše uvedenými profesory přešla z jiných akademických pracovišť. V roce 1995 začalo detailní sledování rysa ostrovida, později i vlka obecného a lišky obecné (která ale nepatří mezi typické velké šelmy). U všech těchto druhů byla a stále je sledována především populační hustota, teritorialita, časoprostorová aktivita, predační vliv a potrava. Tradiční metodou získávání dat je terénní stopování a vyhledávání pobytových znaků. Z modernějších metod se využívá telemetrie označených jedinců a fotomonitoring pomocí tzv. fotopastí. V rámci výzkumu velkých šelem Katedra úzce spolupracuje zejména s NP Šumava a s některými divizemi Vojenských lesů s. p. Provádí se i sběr vzorků pro genetické analýzy, které provádějí jiná pracoviště. Do výzkumu se zapojují i studenti, kteří o velkých šelmách zpracovávají své bakalářské a diplomové práce.
Výzkum šíření invazivních a expanzních druhů savců
Výzkumem se na Katedře myslivosti a lesnické zoologie zabývá doc. Ing. Tomáš Kušta, Ph.D a prof. Ing. Jaroslav Červený, CSc. Výzkum je zaměřen na nutrii, norka amerického, mývala severního, psíka mývalovitého a šakala. U těchto druhů byla je sledováno především šíření na celém území ČR změny početnosti, predační vliv a potrava. Tradiční metodou získávání dat je terénní stopování, vyhledávání pobytových znaků a sběr údajů pomocí dotazníků. Z dalších metod se využívá fotomonitoring pomocí tzv. fotopastí, dříve i telemetrie označených jedinců. Do výzkumu se zapojují i studenti, kteří o problematice invazivních a expanzních druhů savců zpracovávají své bakalářské a diplomové práce.